El IMICO fue creado en el año 2018 mediante un convenio entre la Universidad Nacional de Río Cuarto (UNRC) y el Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Tecnológicas (CONICET), siendo actualmente su directora la Dra. Adriana M. Torres.

La creación del IMICO se fundamentó en las actividades que desde 1981 se llevan a cabo en la Universidad Nacional de Río Cuarto, Facultad de Ciencias Exactas Físico Químicas y Naturales, Departamento de Microbiología e Inmunología en relación a investigaciones en las áreas de la Micología - Micotoxicología, coordinando dichas actividades con otros centros de investigación tanto a nivel nacional como internacional tales como Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA), Universidad Nacional de Córdoba (UNC), el Instituto de Micología y Botánica INMIBO CONICET-UBA, PROIMI- Tucumán, Cranfield University (Reino Unido), Institute of Sciences of Food Production ISPA (CNR, Bari- Italia), Kansas State University (Estados Unidos), USDA, Peoria, USA, Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agraria Departamento de Tecnología de Alimentos (Lleida España), Universidad Católica del Sacro Cuore (Piacenza, Italia). Estas actividades han permitido la consolidación de una masa crítica de investigadores que paralelamente a las actividades de investigación desarrollan docencia de grado y posgrado en las áreas de la Micología, Micología Aplicada – Micotoxicología, Microbiología Agrícola, Terapéutica Vegetal. Dichos docentes investigadores pertenecen al CIC-CONICET, otros son docentes investigadores de las diferentes facultades de la UNRC, becarios de posgrado y posdoctorales de CONICET. Las investigaciones interdisciplinarias en las áreas mencionadas son subsidiadas a través de diversas fuentes como PIP-CONICET, Agencia Nacional de Promoción Científica y Tecnológica (FONCYT-PICT), Secretaría de Ciencia y Técnica de la UNRC (SECYT), Gobierno de la Provincia de Córdoba, Comisión Europea.

Se ha coordinado a nivel nacional un proyecto PAE “Sistema nacional Integrado de Prevención y Control de Micotoxinas en Cadenas Alimentarias (Granos)” durante el período 2008 – 2013 el cual involucró once (11) instituciones entre Universidades Públicas (Universidad Nacional de Rosario, Universidad Nacional de La Plata, Universidad Nacional de Tucumán), Laboratorios de Control, SENASA; INAL-ANMAT, INTI, y laboratorios de investigación del INTA.